Nach dem Besuch des Abendgymnasiums in Neuss und Studien an der Fachhochschule Fulda legte er am 4. Juli 1975 sein Abitur ab. Daran schloss sich das Studium von Philosophie und Theologie in Fulda an. Bischof Dr. Eduard Schick weihte ihn im Fuldaer Dom am 27. Juni 1982 zum Diakon und schließlich am 27. März 1983 zum Priester. Nach seiner Priesterweihe war er zunächst in Großauheim, dann ab 1985 zuerst in Bad Sachsa und später in Großenlüder – bei gleichzeitiger Mithilfe in Kleinlüder – als Kaplan tätig. Im Mai 1987 wurde er zum Pfarrer in Bad Sooden-Allendorf ernannt. Anschließend wirkte Hermann-Josef Nickel als Pfarrer ab August 1991 in Petersberg-Marbach und ab 1999 in Künzell-Bachrain. Im September 1999 wurde ihm die Aufgabe als Präses der KAB in der Pfarrei Maria Hilf in Bachrain anvertraut.
An seinen Wirkungsorten hat Pfarrer Nickel große Aufbauarbeiten geleistet. Einen großen Teil seines Lebens litt er unter gesundheitlichen Einschränkungen, die zu einem frühen Eintritt in den Ruhestand zum 1. August 2007 führten. Soweit es ihm seine Gesundheit erlaubte, übernahm er auch in seinem Ruhestand weiterhin seelsorgliche Aufgaben. Die letzten Jahre lebte er zuerst in der Seniorenwohnanlage Haus Maria, später im Haus Emmaus in Fulda. Die Beerdigung findet auf Wunsch des Verstorbenen im engsten Familienkreis statt.